La Corte Interamericana de Derechos Humanos tiene jurisdicción obligatoria a partir de la Convención Interamericana de Derechos Humanos ante los Estados que la hayan aceptado.

Actualmente, Argentina, Bolivia, Colombia, Costa Rica, Chile, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Haití, Honduras, Nicaragua, Panamá, Paraguay, Perú, Suriname, Trinidad y Tobago, Uruguay y Venezuela han hecho esta declaración. Los otros Estados Partes pueden también aceptar la competencia contenciosa para un caso específico.

De acuerdo con su estatuto, la Corte tiene dos tipos de funciones, jurisdiccionales y consultivas. Las primeras se refieren a la resolución de conflictos (función contenciosa) y a la adopción de medidas provisionales. La segunda se refiere a la emisión de opiniones sobre asuntos planteados ante la Corte por Estados miembros u órganos de la OEA.

Los Estados Miembros y los órganos de la OEA, en lo que les compete, pueden consultar a la Corte acerca de la interpretación de la Convención o de otros tratados interamericanos de derechos humanos. La competencia consultiva también faculta a la Corte a emitir, a solicitud de un Estado, opiniones acerca de la compatibilidad entre cualesquiera de sus leyes internas y la Convención u otros tratados sobre derechos humanos.

El primer análisis que hace el sistema interamericano sobre una cuestión de género lo hace la Corte, en una solicitud de opinión consultiva. En 1983, Costa Rica solicitó a la Corte que examinara la compatibilidad de varias enmiendas propuestas a su Constitución en materia de nacionalidad y naturalización. Una de las enmiendas concedía beneficios para solicitar la ciudadanía a las esposas extranjeras de ciudadanos costarricences que no concedía a los esposos. La Corte Interamericana, al pronunciar su opinión, dijo que esta distinción no era compatible, ya que era una distinción discriminatoria por cuanto "carece de justificación objetiva y razonable". La Corte determinó que esta distinción además estaba fundamentada en la práctica histórica de conferir al esposo y padre, autoridad en el seno del matrimonio y la familia y que, por lo tanto, era "consecuencia de la desigualdad conyugal". En virtud de lo anterior la Corte determinó que era contraria al derecho a la igualdad. 

El único caso de derechos sexuales y reproductivos que ha seguido a la Corte es el de María Elena Loayza-Tamayo20, en el cual la Corte Interamericana consideró la violación sexual como un atentado contra los derechos humanos. La Comisión presenta la demanda ya que concluye que Perú era responsable de la violación de múltiples artículos de la Convención Americana en el caso de esta persona arrestada y detenida de manera arbitraria e ilegal; sometida a torturas y a tratos inhumanos, incluidas violaciones perpetradas por agentes del

Estado; y que se había negado el derecho de la víctima a ser oída por un juez o tribunal competente con las debidas garantías judiciales. 

En este caso la Corte opinó que el Estado era responsable, le ordenó que pusiera en libertad a la víctima y asumiera las costas e indemnizaciones que se determinarían en la etapa subsiguiente del caso. Sin embargo, la Corte no consideró a profundidad las violaciones sexuales. En palabras de la Comisión en su informe de 1998 sobre el estatus de la mujer en la región: "sin efectuar un examen sustancial o enunciar el tipo y carácter de las pruebas recibidas, o la carga de la prueba, la Corte procedió a indicar que no podía concluir que se hubiera probado la violación alegada atribuible a agentes del Estado."