En cuanto a clasificación de humedales se presenta una situación similar a los bosques, en donde se puede aplicar más de una clasificación. En el caso de Costa Rica, la propuesta por Cowardin de clasificación de sistemas ecológicos y la clasificación paisajística, son las más utilizadas (Bravo y Windevoxhel 1997).

 La clasificación de sistemas ecológicos considera cinco sistemas:

• marino (humedales costeros, incluyendo costas rocosas y arrecifes de coral)

• estuarino (deltas, marismas de amrea y pantanos de manglar)

• riberiño (ríos y arroyos)

• lacustre (lagos)

• palustre (lodazales, marismas, pantanos y ciénegas)

A su vez esta clasificación considera subsistemas y clases que se determinan a partir de variables relacionadas con el sustrato, la condición hídrica y el tipo de vegetación predominante.

La clasificación paisajística parte de unidades de paisaje y las relaciones funcionales de sus componentes. Tal como señalan los autores antes señalados, para Costa Rica se consideran:

• costas

• arrecifes de coral

• estuarios

• esteros

• deltas

• llanuras litorales

• llanuras de inundación

• pantanos

• lagos y lagunas

• turberas

• bosques inundados

• humedales artificiales

La Ley Orgánica del Ambiente (Ley No. 7554 del 28 de septiembre de 1995) adopta la clasificación de Sistemas Ecológicos como la oficial.